本三能考日本大学院吗？
可以，但很难。 首先语言关就过不了。你日语水平怎么样，n2还是n1，如果只有n2的话，那根本不行，很多教授都会直接把你拒之门外。
托福80+或雅思6.5+才有机会去跟教授写邮件沟通（有些专业甚至要求托福100+），然后参加校内考以及面试。但即使是这样，最终能否被录取还是要看你的研究计划书，也就是毕业论文的内容如何。当然如果你有钱可以去申请那种英语项目的研究生，那样会容易一些。
第二点，要看你选择什么学校什么专业，如果是文科类的那还好说，理科类的就比较困难了。因为日本的理工科确实很强，特别是半导体，机械，造船等传统工业。所以日本的理工科专业对留学生是很挑的，尤其中国留学生的背景。如果你是985/211院校毕业的，那还有点希望，如果不是那么恭喜你，完全可以放弃了。因为国内非985/211院校的毕业生，哪怕你是本科生，只要是有合格记录的，基本都会被认定为具有与日本人同等水平的应试能力。也就是说在考同一所学校同一个专业的条件下，中国人（尤其是本科）是被自动排除在外的。
总之日本留学对于三本学生来说基本上属于地狱模式。。。除非你有足够的资金能够支撑你去读个语言学校然后混日子的那种。。。