日本会查本科成绩吗？
作为跟你的情况差不多的往届毕业生，以自身经验来回答一下这个问题。 首先明确一点，日本大学在入学考核的时候是有概率会查到中国的本科毕业证和学位证的！ 这里先放一个比较肯定的结论，日本的国立大学和某些私立大学的文科类专业是一定会调查你学历的真伪的——因为我国承认它们的学历学位，所以审查肯定会比较严格；而理科类的研究科部分也会考察你研究生期间的研究内容和导师信息（详细原因在后文解释）。
但是，这里的“一定会”并不是绝对，而且我认识有人就曾经造假成功没有被查到，不过这种情况属于小概率事件。 我本人是在国内先读的本科，然后去的日本留学。
我申请的学校的研究生项目要求提供本科学历证和学位证，同时需要学信网学历认证报告，我在提交材料时同时也寄过去了。 但是，在我正式入学后学校告诉我因为我的专业需要补充本科四年的成绩单，于是我又回头联系了学信网，请他们补发了我大学本科四年的原始成绩单(即未加注学分绩点的成绩单)，而后再次提交给了学校。
其实当时我本科毕业刚刚两年，根本不存在学分绩点的问题，因此这份成绩单上面也并未有我的分数及排名情况。 而之后让我意外的是，虽然我的研究生课程都已经通过，并且论文也顺利发表，学校也给我发了硕士学位证书，但在申请日本签证时，我依然被通知要提交本科毕业证书和学位证书以及成绩单。
由于我当时已经在日本就职，便以公司名义给大学发函咨询，大学方面回函说明由于我是理工科专业（其实我文科硕士）因此在入学时候已经做过调查，但因为没有收到来自我国的认证报告，因此还希望我再补充提供相关学历证明。 于是，我还是乖乖地把本科的证书和成绩单又递了一遍。 但到了正式办签证的时候，使馆却只核对了一下学历证书和学位证书的真实性就放行了，并没有索要相关的成绩单。
由此，我得以顺利出国。 然而，这并没有完全解除我对此事的疑虑，于是在正式出国前我又专门去了一趟我校的本科生就业指导中心，请教老师如果将来自己回国落户或者报考公务员等需要提供在校证明怎么办？老师听明了我的顾虑后笑着对我说“没事儿，反正你是理工科的，我们早就给你打过招呼了，等你回来我们就直接给你办手续。” (・◇・)ノ从这一点上来说，日本的确是查了我的本科证书的
至于题主所说的“日本大学很少查成绩”这点，我认为主要是指日本私立大学对留学生入试时的选拔方式主要是按照学生提交的申请材料进行评审，判断该生是否有报考资格，至于学生的本科学习成绩单则是作为申请的附属材料一起递送。但由于私立大学的经费自筹，因此对于外国留学生的选拔标准相对宽泛，有的私立大学甚至会对一些成绩较差的学生予以破格录用，这样自然也就不会出现审查成绩的情况。