有哪几个使馆下发日本签证？
1994 年以前，所有中国护照持有者来日都需要在北京和上海领馆申请签证 1994-2003年，除北京、上海、广州外增加了沈阳、成都、深圳三个领区的使领馆，分别对应东北、西南、华南地区2003年起中国大陆的签证业务全部归属东京总领事馆管辖（包括沈阳、大连、成都、广州四个城市），也就是目前大家熟知的“四个领区”；同时期香港也设立了日本驻香港领事馆，负责港澳及中国台湾地区公民赴日的签证工作；2007 年 5 月，原驻新加坡领事馆变更为驻华大使馆，同时设立大阪总领馆，开始受理中国护照持有人在关西地区的签证申请
所以题主的问题其实是一个历史遗留问题，现在的话一般是指以下六个领区的中国公民：
一、北京领区：北京市、天津市、甘肃省、河北省、河南省、山西省、山东省、陕西省、黑龙江省、青海省、湖北省、湖南省、吉林省、宁夏回族自治区、内蒙古自治区、辽宁省、江西省、西藏自治区、安徽省、四川省、云南省、贵州省
二、上海领区：上海市、浙江省、江苏省、福建省、广东省、海南省
三、广州领区：广西壮族自治区、广东省、海南省，香港以及澳门居民由驻港总领馆发放。
四、沈阳领区：辽宁省、吉林省、黑龙江省
五、成都领区：重庆市、四川省、云南省、贵州省、西藏自治区
六、深圳领区：广东省、香港特别行政区、澳门特别行政区 台湾人可以在台北或高雄的大使馆/领事馆领取签证，也可以在香港的日本驻香港领事馆办理签证